Présentation
Le programme de recherche d’AMAP recoupe plusieurs grands enjeux sociétaux et environnementaux actuels, tels que relayés par l’IPBES (https://www.ipbes.ne), le GIECC (https://www.ipcc.ch/) et les Objectifs du Développement Durable (https://www.un.org/sustainabledevelopment/fr/). Sur le plan des questions scientifiques, il s’agit de caractériser, comprendre et prévoir la diversité et la variabilité végétales, les interactions entre le programme morphogénétique de développement des plantes et sa régulation environnementale, leurs implications dans la structure et la dynamique des peuplements, pour en évaluer les conséquences agronomiques et écologiques dans les écosystèmes naturels ou cultivés sous forçage environnemental. Ces recherches se situent au confluent d'évolutions rapides concernant la biologie, l'écologie et l'agronomie, autour des thèmes comme diversité biologique, biologie intégrative, agriculture et foresterie durables, agroécologie, changements globaux, thèmes qui se déclinent aujourd'hui dans un contexte d'augmentation extrêmement rapide des quantités et des flux de données (e.g. science participative, télédétection) et des moyens de calcul (GPU, calcul distribué, etc.). De leur côté, l'informatique et les mathématiques appliquées sont aussi impactées par les nouvelles questions émanant des sciences du vivant : prise en compte des enjeux et des connaissances thématiques dans les approches de gestion et de fouille de données massives (éco-informatique) ; modélisation des systèmes complexes qui pose la question de la nécessaire synergie entre analyses mathématiques des phénomènes observés et simulations prédictives. Ces questions font l'objet d'un intérêt accru de la part des communautés des sciences du numérique, qui sont à la recherche de partenaires dans les domaines du vivant et de l'environnement pour le développement de projets interdisciplinaires. L’UMR AMAP, qui depuis sa création intègre dans un même laboratoire des mathématiciens et informaticiens aux côtés de botanistes, agronomes et écologues, a contribué à l’émergence d’approches transdisciplinaires, notamment en biomathématiques de l’architecture des plantes. Les recherches actuelles de l'unité s'articulent autour de 3 axes transversaux, la plupart des chercheurs de l'unité contribuant à plusieurs axes :
Systématique, Biogéographie, Écologie
Origine des espèces et de la biodiversité ; Dynamique passée, présente et future de la biodiversité ; Gestion et préservation de la biodiversité
Dynamique et production des plantes et des peuplements
Croissance, allocation des ressources, et mise en place des ensembles structuraux et fonctionnels des plantes ; Plasticité des individus en lien avec les forçages environnementaux et la dynamique d'ensemble des peuplements ; Place de la végétation dans la structure des paysages et les cycles biogéochimiques
Modèles, analyses et données de l'organe aux écosystèmes
Transportabilité des approches de machine Learning à des données non structurées ou métadonnées ; Contraintes des approches méso-échelles (permettant le passage d'une échelle à l'autre) et identification de propriétés émergentes de systèmes lors de changement d'échelle ; Mise en œuvre d'approches hétérogènes (par exemple discret/continu) pour la modélisation de systèmes complexes issus du monde végétal ; Développement d'approches hybrides (modèles de données et modèles mécanistes)
