Le projet d'I-SITE MUSE Montpellier Université d'Excellence mobilise les forces de 19 institutions vers une ambition commune : faire émerger à Montpellier une université thématique de recherche intensive, internationalement reconnue pour son impact dans les domaines liés à l'agriculture, l'environnement et la santé, susceptible de devenir pour tous les membres du consortium un partenaire académique auquel ils seront fortement liés et dont ils pourront se prévaloir. Faisant partie des unités du périmètre de l'I-SITE, AMAP est éligible aux appels à projets de MUSE et s'est engagée à respecter la charte commune de signature des publications

Le LabEx Agro rassemble 44 unités de recherche localisées à Montpellier et dans ses environs. Il rassemble 1300 scientifiques et 600 doctorants en agronomie, alimentation, biodiversité et environnement, avec une ouverture spécifique sur les régions tropicales et méditerranéennes. Il est porté par Agropolis Fondation, Fondation de Coopération Scientifique (FCS) pour l'agriculture et le développement durable créée en 2007 par l'INRA, le Cirad, Montpellier SupAgro, l'IRD et l'Université de Montpellier. La fondation est localisée à Montpellier, au cœur du pôle Agropolis International. En tant qu'unité rattachée au LabEx Agro, AMAP est invitée à participer au Groupe des Directeurs d'Unités (GDU) dont le rôle est consultatif.

Le Groupement d'Intérêt Scientifique (GIS) RECOLNAT a été constitué en 2020 pour pérenniser le projet d'Infrastructure e-ReColNat. Financé depuis 2011 dans le cadre du Programme Investissements d'Avenir, e-ReColNat a permis de créer un “muséum virtuel” pour la consultation de dizaines de millions de spécimens végétaux et animaux des collections d'Histoire Naturelle. Avec le MNHN (porteur de l'infrastructure, puis du GIS), AMAP a été à l'initiative d'eRECOLNAT, puis y a contribué en pilotant la numérisation de plusieurs herbiers ultramarins français (Cayenne et Nouméa, La Réunion, Mayotte) et de celui de l'Université de Rabat (Maroc), ainsi qu'en réalisant une partie des développements informatiques. Le GIS RECOLNAT, auquel l'IRD a adhéré, se base sur l’acquis d'e-ReColNat pour constituer un réseau d’excellence scientifique qui permettra d'harmoniser les pratiques relatives aux collections naturalistes, et d'offrir un accès élargi à ces collections et à leurs données. RECOLNAT est en outre le point nodal français de l’infrastructure européenne DiSSCo.

Le LabEx CeMEB (Centre Méditerranéen de l'Environnement et de la Biodiversité) regroupe un ensemble de dix unités de recherche des sites de Montpellier et Perpignan à la dynamique et au fonctionnement de la biodiversité et des écosystèmes dans un contexte de changements environnementaux marqués, induit en particulier par les activités humaines. Un objectif important est de prévoir les conséquences biologiques des changements planétaires à l'aide de scénarios, et d'anticiper l'évolution des services écosystémiques et des sociétés humaines. Le LabEx soutient des actions de structuration de la recherche (plateformes mutualisées, allocations doctorales et postdoctorales, mobilité entrantes et sortantes, manifestations scientifiques). La direction d'AMAP fait partie du Comité Executif du LabEx dont le rôle est d'assurer la coordination des acteurs et de piloter le développement stratégique des différents volets du projet (Recherche, Formation, Valorisation, Animation..)

Le Labex CEBA (Centre d'Etude de la Biodiversité Amazonienne) est un réseau de 13 unités de recherche dont 4 basées en Guyane, les autres étant à Montpellier, Toulouse, Bordeaux, Fort-de-France, Gif-sur-Yvette et Nancy. Plus de 110 chercheurs permanents avec des expertises en écologie, biologie évolutive, génomique, maladies infectieuses, épidémiologie, sciences de l'environnement, paléoécologie, chimie, lois et sciences politiques, cherchent à comprendre l'extraordinaire diversité biologique des écosystèmes amazoniens, et les implications de cette diversité sur les processus écosystémiques et sur les populations guyanaises. Le LabEx finance des projets annuels, des projets structurants, des thèses et assure un soutien de base aux unités pour leurs activités en Guyane. Le Comité de Direction comprend un représentant de chaque unité membre du LabEx.

AMAP bénéficie d’un rattachement secondaire au LabEx NuMev. Le LabEx NuMEV (Solutions Numériques et Matérielles pour l’Environnement et le Vivant), créé en 2011, a pour objectif de soutenir les recherches des équipes des sciences du numérique, de physique et des sciences de l’ingénieur de Montpellier à l’interface avec les sciences de l’environnement et du vivant. Il finance des projets de recherche, des bourses de thèses et post-docs, des achats d’équipements et des actions d’animation scientifique et de formation

L’Institut de Convergence #DigitAg, créé en 2017, implique 17 membres fondateurs. Il soutient des programmes interdisciplinaires pour créer des connaissances sur l’usage du numérique en agriculture. Ce soutien prend essentiellement la forme de bourses de thèses ou de master, et de mobilités entrantes ou sortantes.