Logiciels

Plateformes logicielles ( Plateforms informatiques)


CAPSIS est une plateforme de développement de modèles de croissance et de dynamique forestière permettant de construire et d'évaluer des scénarios sylvicoles, destinée aux chercheurs, gestionnaires forestiers ou à l'enseignement.
Pl@ntnetest une infrastructure de botanique participative.

Suites logicielles


AMAPStudio est une suite logicielle dédiée à l'édition, la visualisation, l'exploration et la simulation multi-échelles du développement architectural des plantes en 3 dimensions, à l'échelle de l'individu ou de scènes de plusieurs individus. En particulier :

  • Xplo, un logiciel d’exploration de l’architecture d’un plante à différentes échelles.
  • Scan, un logiciel interactif pour construire et éditer l’architecture d’une plante à partir d’un nuage de points TLS.
  • AMAPSim, est un noyau de simulation du développement architectural d’une plante, interconnectable avec des applications externes.
  • Archimed, une plateforme de modélisation des processus biophysiques à partir de maquettes de végétation 3D.

ForestRS rassemble plusieurs outils dédiés à l’utilisation de produits de télédétection pour l’étude des arbres individuels ou en peuplement.

  • AlloStand, un package R pour générer des maquettes forestières 3D à partir d’inventaires forestiers.
  • AMPVox, un logiciel de voxelisation de données LiDAR.
  • FOTO, un package python pour prédire les paramètres de structure des peuplements des forêts tropicales à partir de l’analyse de texture d’images satellitaires.
  • PyTools4DART, une API en python pour le simulateur de transfert radiatif DART. Développé par nos collègues de l’UMR TETIS.

Logiciels


C++ applications

  • CMMP, propose des modèles mathématiques continus de croissance de plantes.
  • TROLL, un simulateur de dynamique forestière individu-centré, développé en collaboration avec l’UMR EDB à Toulouse.

Mobile applications

  • DiagARCHI, une application mobile pour du diagnostic architectural.

R packages

  • ADS, un package R pour l’analyse de processus ponctuels spatialisés.
  • BIOMASS, un package R pour l’estimation de la biomasse aérienne et l’incertitude associée dans les forêts tropicales.
  • ConR, un package R de fonctions permettant d'estimer différents paramètres utilisés pour l'évaluation des statuts de conservation des espèces selon le critère B de l'Union Internationale de Conservation de la Nature (IUCN).
  • JDSM, ce package R inclut des fonctions pour l'estimation des paramètres de modèles joints de distribution des espèces (Joint Species Distribution Models ou JSDM). Ce type de modèle permet de prendre en compte les informations concernant la co-occurrence des espèces afin de mieux prédire leurs aires de distribution.
  • hSDM, est un package R pour estimer les paramètres de divers modèles hiérarchiques de distribution des espèces dans un cadre bayésien. De tels modèles permettent d'interpréter les observations (occurrence et abondance d'une espèce) en fonction de plusieurs processus hiérarchiques combinant des processus écologiques (adéquation de l'habitat, dépendance spatiale et perturbations anthropiques) et des processus d'observation (détectabilité des espèces). Les modèles hiérarchiques de distribution des espèces sont essentiels pour caractériser avec précision la réponse environnementale des espèces, prédire leur probabilité d'occurrence et évaluer l'incertitude des résultats du modèle.
  • Mimetic Point Process, un package R d’aide à la génération de nuages de points mimétiques.
  • SSDM un package R pour prédire la distribution de la richesse et de la composition spécifiques à partir de modèles de distribution d’espèces empilés.

Python packages

  • forestatrisk, ce module Python permet de modéliser la déforestation tropicale et de prédire le couvert forestier future sous divers scénarios de déforestation. Il permet d'estimer la probabilité spatiale de déforestation en fonction de variables environnementales décrivant l’accessibilité à la forêt (distance aux routes, villages et rivières, distance à la lisière de la forêt, topographie), son statut de protection (appartenance au réseau d’aires naturelles protégées) et son historique (distance à la déforestation passée). Via des effets aléatoires spatialement corrélés, le modèle prend également en compte la variabilité spatiale résiduelle du processus de déforestation. Cette variabilité résiduelle n’est pas expliquée par les variables environnementales inclues dans le modèle.
  • pywdpa, le package Python fournie une interface avec la base de données mondiale sur les aires protégées (WDPA) hébergée sur le site internent de Protected Planet à l'adresse https://www.protectedplanet.net. Le package pywdpa fournit des fonctions pour télécharger des fichiers shapefile des aires protégées (PA) pour tous les pays à partir d'un code iso à l'aide de l'API Protected Planet sur https://api.protectedplanet.net. Le package pywdpa traduit certaines fonctions du package R worldpa (https://github.com/FRBCesab/worldpa) en langage Python.

Autre

  • GreenLab, une collection de modèles du développement et de la croissance des plantes, en Matlab.
  • IDAO, un outil d’aide à l’identification des plantes basé sur une approche multimédia, en Visual Basic.