Utilisation d'un modèle joint de distribution des espèces pour la réalisation d'une carte de biodiversité à Madagascar.

Les modèles joints de distribution des espèces permettent de prendre en compte l'environnement mais également les interactions entre espèces ainsi que des variables cachées (non mesurées ou non mesurables) pour expliquer l'occurrence ou l'abondance des espèces. Peu d'outils sont aujourd'hui disponibles pour estimer les paramètres de ce genre de modèle et le temps de calcul pour l'estimation est souvent long. Dans le cadre de cette étude, nous avons développé un package R appelé jSDM (pour joint Species Distribution Models) incluant des fonctions et des algorithme s statistiques optimisés pour estimer des modèles joints de distribution des espèces (https://ecology.ghislainv.fr/jSDM). Nous avons utilisé ces fonctions pour produire une carte de diversité alpha et beta des forêts à Madagascar en utilisant une base de données d'inventaires forestiers sur l'ensemble de l'île. Les résultats montrent que l'on obtient des cartes de distribution précises à l'échelle des espèces, une bonne estimation de la richesse spécifique au sein des forêts à Madagascar et une cartographie des assemblages d'espèces et des types forestiers à Madagascar plus fine que la simple classification courante forêt humide, forêt épineuse et forêt sèche.