Thème DEVMP - Développement logiciel générique pour la modélisation des plantes

Description

Contexte

La modélisation des plantes est une thématique importante à AMAP, elle donne lieu au développement d'outils logiciels pour (i) la simulation de la croissance et de la dynamique agronomique et forestière, (ii) l'aide à la mesure et à la simulation de l'architecture des plantes, (iii) la représentation et l'exploration de structures, sur un individu ou des groupes d'individus, de la plante de petite taille au collectif d'arbres adultes, (iv) des imports/exports de formats divers pour l'interopérabilité avec d'autres logiciels, ou encore (v) la simulation de processus biophysiques. Ces logiciels de recherche peuvent être (i) supports de projets dans lesquels ils sont visibles, (ii) supports de partenariats entre scientifiques, et (iii) vecteurs de transfert de connaissance vers les partenaires avals des chercheurs participants. Les développements ayant une visée générique s'opèrent plus particulièrement dans trois contributions pérennes :

Objectifs

Développer des logiciels de recherche fédérateurs pour répondre efficacement aux demandes des chercheurs dans le domaine de la modélisation des plantes en mettant en œuvre des approches plus génériques dans un contexte de mutualisation et d'intégration.

Attendus

Proposer aux scientifiques plusieurs niveaux de service :

  •  accès simple à des fonctionnalités usuelles (chargement, simulation, visualisation, exploration, édition, export...) au travers de logiciels interactifs, sans programmation requise ;
  •  aide à l'intégration de leurs modèles : en contrepartie d'un investissement en programmation qui leur donne une relative autonomie, ils bénéficient d'un accompagnement personnalisé au démarrage et d'un support au long cours ;
  •  participation à la définition de nouveaux outils qui doivent répondre à un besoin collectif (saisie, analyse, sorties graphiques...), développés et maintenus par les développeurs ;
  •  proposition de briques logicielles interopérables avec d'autres environnements logiciels.

Faits marquants

Projets

Acronyme Intitulé Durée
STEM-LEAFSTudies based on Experimental and Modelled wavefor for the LEAF (Lidar for Earth And Forests) mission2013 - 2016
MOCAF 2 - PRINCIPESModélisation de la Croissance, de l'Architecture et de la Floraison2012 - 2014
GUYAFORUn réseau de dispositifs permanents pour un suivi à long terme des écosystèmes forestiers guyanais 2007-2010 : Estimation du stockage de carbone des forêts guyanaises2009 - 2010

Thèses soutenues

  •  Zango, O. 2017. Agro-biodiversité et élaboration d’un modèle architectural du palmier dattier au Sahel : cas du Niger. Thèse Univ. Niamey (co-dir F. Aberlenc-Bertossi, Y.Bakasso, H. Rey), financement Universités de Niamey et de Montpellier.

Publications majeures

Publications majeures 2019-2020
Publications HAL de la collection AMAP

2020

Article dans une revue

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Louis de Wergifosse, Frédéric André, Nicolas Beudez, François de Coligny, Hugues Goosse, et al.. HETEROFOR 1.0: a spatially explicit model for exploring the response of structurally complex forests to uncertain future conditions. II. Phenology and water cycle. Geoscientific Model Development, European Geosciences Union, 2020, 13, pp.1459-1498. ⟨10.5194/gmd-2019-201⟩. ⟨hal-02466109⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.umontpellier.fr/hal-02466109/file/Beudez_%26_deColigny_etal_gmd-2019-201.pdf BibTex
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Mathieu Jonard, Frédéric André, François de Coligny, Louis de Wergifosse, Nicolas Beudez, et al.. HETEROFOR 1.0: a spatially explicit model for exploring the response of structurally complex forests to uncertain future conditions. I. Carbon fluxes and tree dimensional growth.. Geoscientific Model Development, European Geosciences Union, 2020, 13, pp.905-935. ⟨10.5194/gmd-2019-101⟩. ⟨hal-02466359⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.umontpellier.fr/hal-02466359/file/gmd-2019-101.pdf BibTex
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Xavier Morin, Thomas Damestoy, Maude Toigo, Bastien Castagneyrol, Hervé Jactel, et al.. Using forest gap models and experimental data to explore long-term effects of tree diversity on the productivity of mixed planted forests. Annals of Forest Science, Springer Verlag/EDP Sciences, 2020, 77 (2), ⟨10.1007/s13595-020-00954-0⟩. ⟨hal-02862488⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.umontpellier.fr/hal-02862488/file/Morin_etal_Ann_Forest_Sci_2020_.77_2pdf.pdf BibTex

2019

Article dans une revue

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Francois Lefevre, C. Godineau, Nicolas Beudez, François de Coligny, Francois Courbet, et al.. Un outil de simulation : comprendre comment la sylviculture modifie la qualité génétique et les capacités d'adaptation des peuplements. Forêt Entreprise, Forêt Privée Française, 2019, pp.49-51. ⟨hal-02878382⟩
Accès au bibtex
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